Vers la finition du séquençage du génome humain

 Thème : ADN, génome

Le séquençage complet du génome humain pourrait paraitre comme de l'histoire ancienne : il a été annoncé en grande fanfare par le consortium de laboratoires Human Genome Project et la firme de biotech Celera Genomics en Juin 2000 puis publié dans des revues scientifiques en Février 2001. Mais il ne s'agissait que de séquences brutes mises bout à bout et avec un grand nombre d'erreurs. Une séquence plus complète est présentée en 2004 mais là aussi, il restait un certain nombre de défauts, notamment dans les parties du génome où il y a beaucoup de courtes séquences répétées qui donnent du fil à retordre aux séquenceurs. La dernière version de la séquence du génome humain qui sert de référence à des chercheurs du monde entier date de 2013, mais il restait toujours 8% du génome où la séquence est peu fiable, incomplète ou absente.

Pour arriver vraiment à la séquence complète, des chercheurs provenant de 30 groupes de recherche du monde entier se sont associés dans un consortium baptisé "Telomere-to-Telomere". Ils ont déposé leurs nouvelles séquences de 200 millions de paires de bases fin Mai. Ils ont découvert 115 nouveaux gènes qui n'avaient pas été trouvés auparavant.

La finition du séquençage du génome humain ou ce sont les derniers kilobases les plus difficiles !
(source : https://www.nature.com/articles/d41586-021-01506-w)

Les chercheurs du consortium ont travaillé avec des cellules haploïdes pour éviter d'avoir deux exemplaires des séquences avec des modifications liées aux différents allèles. Ils ont utilisé des cellules de môle hydatiforme, un amas cellulaire issu de la fécondation d'un ovocyte qui a perdu son génome nucléaire par un spermatozoïde (oui, ça arrive !). Ils ont aussi tiré partie d'une avancée technologique qui permet de séquencer des grands fragments de 20.000 paires de bases (au lieu de quelques centaines de paires de bases), ce qui facilite la reconstitution de la séquence complète.

La séquence obtenue n'est pas parfaite cependant car il reste encore 0,3% du génome dont la séquence n'est pas fiable et surtout la môle hydatiforme a été formée à partir d'un spermatozoïde porteur du chromosome X donc il y a encore les séquences du chromosome Y à compléter.

L'étape suivante consiste aussi à séquencer avec ces nouvelles méthodes 300 génomes provenant de personnes du monde entier pour mieux comprendre les variations génomiques interindividuelles (Human Pangenome Reference Consortium).